Embrapa tiene, también, en su portafolio de innovaciones, investigaciones en el área de agroenergía, como el etanol de 2ª generación (a partir del bagazo y de la paja de la caña), tecnologías orientadas a la reestructuración de actividades agropecuarias en períodos de sequía y desarrollo de variedades de plantas con resistencia genética a plagas.