Quando Lula assumiu a Presidência da República, o trabalho da Polícia Federal costumava ser travado pelos interesses políticos. Até então, aliados do governo geralmente não eram investigados. Só entravam na alça de mira se contrariassem o esquema dominante. Hoje, a Polícia Federal é autônoma para investigar qualquer um que cometa crimes, não importa a qual partido pertença. Lula e Dilma garantem a independência da PF, inclusive assegurando os recursos necessários para as operações especiais.

O orçamento cresceu de R$ 1,8 bilhão em 2002 para R$ 4,7 bilhões em 2013. Mais de 3 mil agentes foram incorporados, por concurso público. Entre 2011 e 2013, o governo Dilma destinou R$ 400 milhões para a aquisição de viaturas, embarcações, helicópteros, armamentos, coletes e outros itens, que aumentaram ainda mais a eficiência do órgão.